Shrek bliver narret til at underskrive en pagt med den indsmigrende Rumleskaft. Pludselig befinder Shrek sig i en forskruet udgave af Kongeriget Langt, Langt Borte, hvor trolde bliver forfulgt, Rumleskaft er konge og Shrek og Fiona aldrig har mødt hinanden. Det er nu op til Shrek at ophæve, hvad han har gjort, så han kan redde sine venner, genskabe sin verden og få sin eneste ene tilbage.